本书详细介绍了晶体结构精修中的常见问题及其处理技巧,采用具体示例的方式加以说明｡本书使用晶体学领域内享有盛誉并广泛使用的精修软件——SHELXL｡对小分子晶体结构精修中的加氢､原子类型指定､无序､赝对称､孪晶､赝像等方面进行了阐述,讨论了小分子晶体结构验证的必要性和手段,同时对蛋白质等生物大分子的精修和结构验证也进行了概述｡书中每个示例的原始数据和各步精修操作的结果文件均附于随书光盘,方便读者自行练习使用｡本书有助于促进对晶体结构精修知识的理解和运用,掌握先进的结构解析工具,提高晶体结构测定的技术水平｡本书可以作为具有初步X射线晶体结构测定基础､能运行相关软件的入门者的进修教材,也可以作为相关研究人员的参考书｡

前辅文
1SHELXL
  1.1SHELX程序包
   1.1.1SHELXTL和其他程序
  1.2SHELXL
   1.2.1程序组成
   1.2.2指令文件name.ins
   1.2.3衍射数据文件name.hkl
   1.2.4SHELXL中的数据合并
   1.2.5连通性表
2晶体结构精修
  2.1最小二乘精修
   2.1.1精修应基于F还是F2——这会成为问题吗?
  2.2弱数据点和高分辨率截断
  2.3残差因子
  2.4参数
  2.5约束
   2.5.1位置占有率因子
   2.5.2特殊位置约束
   2.5.3刚性基团约束
   2.5.4浮动原点约束
   2.5.5氢原子
   2.5.6SHELXL中的约束用法
  2.6限制
   2.6.1几何限制
   2.6.2位移参数的限制
   2.6.3其他限制
  2.7SHELXL中的自由变量
  2.8结果
   2.8.1键长和键角
   2.8.2扭转角
   2.8.3共面原子
   2.8.4氢键
   2.8.5RTAB指令
   2.8.6MORE指令
   2.8.7cif文件
  2.9精修问题
3氢原子
  3.1氢原子的X—H键长和Ueq数值
  3.2与不同类型原子成键的氢
   3.2.1与碳原子成键的氢
   3.2.2与氮或氧成键的氢
   3.2.3与金属成键的氢
  3.3在SHELXL中定位氢原子
   3.3.1HFIX指令中最常用的m和n取值列表
   3.3.2酸性氢原子的准自由精修
  3.4SHELXL中的氢键信息
  3.5示例
   3.5.1常规氢原子定位操作:C31H54MoN2O
   3.5.2Zr基氢化物中的氢原子
   3.5.3酸性氢原子和氢键
4原子类型的指定
  4.1电子皆“蓝色”
  4.2化学知识
  4.3晶体学知识
  4.4示例
   4.4.1四联InCl3——N还是O?
   4.4.2钴基化合物
   4.4.3搞混的中心金属原子
5无序
  5.1无序类型
   5.1.1置换无序
   5.1.2位置无序
   5.1.3混乱——一种特殊的无序
  5.2无序的精修
   5.2.1用SHELXL精修无序
  5.3示例
   5.3.1镓亚胺基硅酸盐——两乙基无序
   5.3.2Ti(Ⅲ)基化合物的无序
   5.3.3按占据无序处理的共晶
   5.3.4溶剂分子无序
   5.3.5结构中三种无序共存——环正聚四苯撑
6赝对称
  6.1全局赝对称性
  6.2真正NCS
  6.3示例
   6.3.1Pn还是P21/n
   6.3.2[Si(NH2)2CH(SiMe3)2]2:P1,Z=12
7孪晶
  7.1孪晶的定义
  7.2孪晶的分类
   7.2.1缺面孪晶
   7.2.2赝缺面孪晶
   7.2.3交错缺面孪晶
   7.2.4非缺面孪晶
  7.3孪晶检验
  7.4结构解析
  7.5孪晶精修
  7.6绝对结构确定
  7.7孪晶的警示
  7.8示例
   7.8.1缺面孪晶
   7.8.2赝缺面孪晶的一个示例
   7.8.3交错缺面孪晶的第一个示例
   7.8.4交错缺面孪晶的第二个示例
   7.8.5非缺面孪晶的第一个示例
   7.8.6非缺面孪晶的第二个示例
  7.9结论
8赝像
  8.1什么是赝像?
   8.1.1振动
   8.1.2缩短的三重键
   8.1.3氢原子位置
   8.1.4傅里叶截断误差
  8.2什么是非赝像?
  8.3示例
   8.3.1C30H47N9Zr5中的傅里叶截断误差
9结构验证
  9.1验证
  9.2PLATON有效性测试
   9.2.1对称缺失
   9.2.2孔隙
   9.2.3位移椭球
   9.2.4键长和键角
   9.2.5原子类型指定
   9.2.6分子间接触
   9.2.7氢键
   9.2.8连通性
   9.2.9无序
   9.2.10衍射数据
   9.2.11精修参数结果
  9.3何时开始验证?
  9.4结束语
10蛋白质精修
  10.1原子分辨率精修与标准精修的对比
   10.1.1各向异性位移参数
   10.1.2多离散位置
   10.1.3氢原子
   10.1.4溶剂
   10.1.5标准不确定度
  10.2典型的精修步骤
   10.2.1起步
   10.2.21.5 分辨率模型的粗调
   10.2.3导入原子分辨率数据
   10.2.4开始各向异性精修
   10.2.5原子分辨率水平的模型改造
   10.2.6涉及氢原子的时机与操作
   10.2.7溶剂
   10.2.8完善模型
   10.2.9坐标不确定度估计
   10.2.10结构的分析与显示
  10.3示例
   10.3.1蛋白质精修的典型过程
   10.3.2确定蛋白质-配体接触性质的标准不确定度
11蛋白质结构的(交叉)验证
  11.1PROCHECK
  11.2WHATCHECK
   11.2.1紧密非成键接触列表
   11.2.2欠妥的氢键给体/受体
   11.2.3孤立水分子列表
  11.3Verify3D
  11.4Errat
  11.5Prove
12总论
  12.1循环精修需要多少次?
  12.2如何处理NPD原子?
  12.3某个结构中可以使用多少限制?
  12.4一些阳离子的配位几何
  12.5一些典型的键长
  12.6分辨率表
参考文献
进阶读物
索引
光盘文件勘误说明

材料科学经典著作选译